Trong các thuộc địa Pháp, Đông Dương thuộc Pháp giữ vai trò rất quan trọng. Vì vậy, trên cương vị Giám đốc Ban Đông Dương thuộc Pháp, Léon Pignon được yêu cầu nhanh chóng Đông Dương, bấy giờ vẫn còn nằm dưới sự kiểm soát của Nhật Bản để tìm cách tái lập vị thế cai trị ở thuộc địa này. Ông tìm cách đến Vân Nam (Trung Quốc), nơi có một phái bộ DGER (Direction générale des études et recherches, cơ quan tình báo của lực lượng Pháp quốc Tự do) dưới sự chỉ huy của Thiếu tá Jean Sainteny, và tìm cách thiết lập liên lạc giữa chính phủ lâm thời Pháp và phong trào Việt Minh, nhằm ưu tiên phối hợp cho công tác chiến tranh chống lại quân Nhật, từ đó dọn đường cho người Pháp trở lại vai trò cai trị Đông Dương.

Tuy nhiên, những người Việt bản xứ tỏ ra biết cách tận dụng tình hình. Trải qua một quá trình dài để tích lũy lực lượng, ngay khi Nhật Bản tuyên bố đầu hàng Đồng minh, Việt Minh đã nhanh chóng tổ chức cướp lại chính quyền, giành được độc lập trước khi người Pháp kịp tái lập quyền cai trị cũ tại Đông Dương. Nhận ra nước Pháp đã chậm chân và Việt Minh đã giành được sự ủng hộ lớn lao của người bản xứ trong vai trò lãnh đạo một Đông Dương độc lập, cùng với Sainteny, Pignon ủng hộ một giải pháp hòa bình để tái lập ảnh hưởng của nước Pháp mới với thuộc địa cũ. Ông ủng hộ chủ trương đàm phán với Hồ Chí Minh, lãnh tụ của Việt Minh, người mà ông cho rằng là người duy nhất có khả năng và có thể đối thoại. Chính ông là người đã cố vấn cho Sainteny, tham gia công tác chuẩn bị và ký kết hiệp định ngày 6 tháng 3 năm 1946, hầu mở ra con đường tiếp quản Đông Dương trong hòa bình. Sau hiệp định, tháng 4 năm 1946, ông được bổ nhiệm làm Ủy viên Chính trị của Liên bang Đông Dương, một vị trí "chuẩn bị sẵn" cho một thể chế điều hành Đông Dương mới trong hòa bình.